Mi amigurumi tiene agujeritos y se ve el relleno

Para un buen resultado, siguiendo un patrón, recuerda usar el tamaño de ganchillo e hilo aconsejado en dicho patrón, si lo cambias, el resultado también cambiará. Si aún usanso aguja e hilo adecuado, notas que quedan muchos huecos y se ve el relleno, prueba a apretar un poco mientras tejes, no mucho, pero un poco más de lo habitual. Quizás para el hilo que estás usando es necesario cambiar la aguja de ganchillo por uno o medio número menor.
Si de lo que se trata es de tejer un amigurumi sin patrón establecido, siempre usaremos uno o incluso dos números menos al recomendado por el fabricante en la etiqueta del ovillo, para evitar que el tejido quede suelto y se noten los espacios. En cambio si vamos a tejer un proyecto de moda, prendas de vestir o bolsos, siempre es conveniente usar el recomendado en la etiqueta para que el resultado sea perfecto.
Si el problema es a la hora de rellenar nuestras piezas, procura no cargar demasiado relleno para que no se abran los puntos.